藥師琉璃光如來為了要救護一切眾生，除他的疾病痛苦，所以在光中說藥師咒。這一個咒，雖然沒有多少句，也沒有多少字，很短的，可是它的妙用是無窮無盡的。雖然無窮無盡，你必須要有一種信心，專一其心來持誦它。無論哪一位醫生，如果一方面給人看病，一方面再用這個咒給他來加持，相信這個病痛很快就好了。那麼醫生就是以解除眾生的病苦為自己的責任，能有這樣的咒來幫助，這可以說是一個大醫王。所以做醫生的能把這個咒受持讀誦，那是最好的。
那不做醫生的呢？也可以受持讀誦。無論在什麼地方，你若遇著人有疾病，那麼給他一念，他都可以就好了。這個咒是譯音，所以沒有什麼講解，不需要講解。這個咒也就是教你不明白，這妙處就是因為不明白。你這不明白，你也不知道怎麼一回事，所以你那個心也不打妄想，就一心持這個咒，它就有感應。
藥師咒：「南無薄伽伐帝。鞞殺社。窶嚕薜琉璃。缽喇婆。喝囉闍也。怛他揭多耶。阿囉喝帝。三藐三勃陀耶。怛姪他。唵。鞞殺逝。鞞殺逝。鞞殺社。三沒揭帝莎訶。」常常念這個咒，那個感應道交是不可思議的。
誦咒要漱口，沐浴清淨，把身心都清淨了，意念也清淨了。或者是把這個病人所吃的東西，或者他所服的藥品，或者用沒有蟲子的水，念這個灌頂真言一百零八遍，給這個病人來吃。喝了這種用〈藥師灌頂真言〉所加持的水，疾病就都消滅了，沒有了。若有所求，也應該至心念誦這個咒。若是要求什麼的，也都可以像前邊這個念一百零八遍做為願。人所求什麼都會遂心滿願的。病痛也沒有了，也延年益壽了，應該死的也不死了，就這麼妙。
等他如果真是壽命到了，捨身命終之後，會生在這個藥師琉璃光如來的世界，得到不退轉，成就阿耨多羅三藐三菩提。乃至成佛，只有往前進，而不往後退。所以應該拿出至誠懇切的心，來恭敬供養藥師琉璃光如來。常常誦念這〈藥師灌頂陀羅尼〉，不要把它忘了。
在《禪門日誦》上，有一個咒叫〈二佛咒〉。這〈二佛咒〉是這麼說的，說：「二佛演化在娑婆，東阿閦，西彌陀，十三條大戒犯波羅，怕閻羅，勤懺悔，罪消磨。」波羅是這個波羅夷罪，本來造這種罪的是不通懺悔，可是你若能真懺悔、勤懺悔，罪也能消滅了。那麼這〈二佛咒〉在佛教裏，是屬於一個勾召法門。假如有這個魔障病的，有邪鬼上身的，你一念這〈二佛咒〉，那鬼就會上身來，這叫勾召法。可是沒有什麼人會用的，因為大家都不會念這個咒。這個咒是很靈感的。
還有那〈普庵咒〉，在佛教也是一個降伏法的。據說這個普庵祖師以前是個殺豬的，以後修道了，不殺豬了，他就把他十二把殺豬的刀，煉成飛刀了。一念〈普庵咒〉，他這個殺豬的刀子就滿天飛，於是乎這一切邪魔外道也就都害怕了，所以這〈普庵咒〉也是降伏法。
這〈藥師灌頂真言〉，它能解除一切的毒，能消一切的罪。有的人若中毒了，你念這個咒，也會給他把那個毒解去了；可是要誠心，不能敷衍了事，不能馬馬虎虎的。那麼本經這《藥師琉璃光如來本願功德經》，在這經裏頭，這個咒是很主要的。這部經這麼長，有的時候沒有那麼多時間來念，於是乎就找一個扼要的法門、短的法門，那麼就是誦這個〈藥師灌頂真言〉，所以叫拔除一切業障的經。我們大家有緣，能遇到這個法門，我們應該把這〈藥師咒〉常常地持誦。常持誦就一切的災難都消除，增長一切的善根。
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